霉菌毒素是天然来源的有毒物质，是曲霉、青霉菌和镰刀菌的代谢物。根据RASFF(欧洲食品和饲料快速预警系统)网站收集的数据，更容易受到霉菌毒素污染的食物包括坚果(开心果、杏仁、花生)、干果(干无花果、葡萄干)、谷物(玉米、小麦、大麦、黑麦以及从其面粉中提取的产品)、可可、咖啡、葡萄和葡萄酒。目前已知的霉菌毒素有几十种分子，但食品中的法律限制只针对其中的少数几种。在检测食物中的霉菌毒素时，会遇到以下问题:
1.生产霉菌毒素的霉菌在食品生产中生长在非常局限的空间区域，因此污染是难以置信的高，而几厘米远的区域污染可能是零;因此，很难进行具有代表性的抽样。
2.真菌毒素是一种极具毒性的物质，其中一些具有极低的法律限制(以少量ppb为序，即为µg/kg)，因此需要非常高效、灵敏的提取和仪器分析方法。
3.一些霉菌毒素与食物成分结合，因此它们在提取和分析过程中被“掩盖”，导致低估了它们的存在。在人类消化道的消化过程中，它们可能不受食物成分的限制，并返回到它们自由的、有毒的形式。霉菌毒素对动物和人类的急性毒性作用，只有在相当大的剂量下才会发生。相反，在食物中发现的这些小剂量物质往往会产生慢性影响，包括致癌性。产品中的霉菌毒素水平取决于许多因素，因为霉菌的生长需要一定的条件(温度、湿度和足够的时间)才能发生。例如，就谷物污染而言，在一些地理区域或以高湿度为特征的特定年份，霉菌生长显著，因此收获时的霉菌毒素水平很高。在欧洲，近年来受到污染的作物产量达到了总产量的40-50%。在过去，这一比例甚至更高，在某些敏感谷物上特别常见的一些霉菌毒素(例如脱氧雪腐镰刀菌素在欧洲(包括意大利)的小麦上最常见)的污染收获中，最高可达80-90%。随着时间的推移，了解这些霉菌的生长因素可以改善农艺和谷物的放养措施，以尽可能地避免它们的存在和蔓延。 However some years with high precipitations are still critical, and high levels of mycotoxins are present as a result. Besides the toxic and carcinogenic effect on humans, mycotoxins have toxic effect on farm animals, leading to remarkable economic loss for farmers.
